
Od ledna roku 2026 dochází ke změně pravidel pro uplatňování odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Základní myšlenka zůstává stejná, podnik si nejprve uplatní způsobilé výdaje na výzkum a vývoj jako běžné daňové náklady a současně si je může odečíst ještě jednou jako odčitatelnou položku od základu daně. Výsledkem je snížení základu daně, a tím i reálná úspora na dani z příjmů právnických osob.
Jednou z nejpodstatnějších změn je prodloužení lhůty, ve které mohou poplatníci odpočet uplatnit. Zatímco v minulosti byla tato doba kratší, nově lze odpočet odečíst od základu daně v období, ve kterém vznikl, nebo v pěti bezprostředně následujících obdobích.
Samotný výpočet výše odpočtu se nově dělí podle limitu, který je stanoven na 50 mil. Kč. Část nákladů vynaložených na výzkum a vývoj, která tento limit nepřesahuje, lze uplatnit ve zvýšené sazbě 150 %. Pokud náklady tuto hranici převýší, na částku nad limit se aplikuje sazba ve výši 100 %. Pokud je zdaňovací období poplatníka kratší než 12 měsíců, dochází k poměrné úpravě padesátimilionového limitu podle skutečného počtu dnů. Výpočet se v takovém případě provádí jako součin limitu a poměru počtu dnů ku 365, přičemž výsledek se zaokrouhluje na čtyři desetinná místa.
Zásadní legislativní změnou je zavedení pojmu „odpočtový celek“, který mění pohled na posuzování limitu u propojených společností. Odpočtový celek tvoří ovládající mateřská osoba, která sama není ovládána jinou jednotkou a má povinnost vést účetnictví společně se všemi entitami, které tato matka ovládá. V rámci holdingu se tak již limit 50 milionů Kč neposuzuje izolovaně pro každou firmu zvlášť, ale platí jeden společný limit pro všechny společnosti v celku dohromady. Zda poplatník do takového celku patří, je rozhodující k poslednímu dni jeho zdaňovacího období, přičemž do společného součtu se zahrnují pouze ta období, která končí ve stejném kalendářním roce. V případech spoluovládání zákon vyžaduje pro vznik této vazby jednomyslnou shodu.
Specifická pravidla platí pro situace, kdy je člen odpočtového celku ovládán společně s osobou stojící mimo tento celek. V takovém případě se do limitu pro zvýšenou sazbu započítává pouze poměrná část jeho výdajů, která odpovídá souhrnnému podílu členů odpočtového celku na jeho základním kapitálu. V rámci pravidel pro uplatnění odpočtu na výzkum a vývoj se na tuto část nákladů pohlíží izolovaně, tedy jako by ji vynaložil zcela samostatný daňový subjekt.
Základní podmínkou pro uplatnění odpočtu i nadále zůstává projektová dokumentace, u níž musí dojít ke schválení nejpozději ve lhůtě pro podání řádného daňového přiznání, aby byl nárok na daňovou úlevu zachován. Tato povinnost platí i v situaci, kdy v daném období k faktickému uplatnění odpočtu nedojde. Nejnovější judikatura NSS z podzimu 2025 potvrzuje, že projektová dokumentace musí konkrétně vymezovat kritéria a mechanismus kontroly projektu a mzdové náklady nelze prokazovat ročními průměry ani kvalifikovanými odhady. Každý náklad musí být podložen konkrétní dobou práce a popisem činností. Nepatrné zjednodušení pro firmy je, že už nemusí dokládat formu zaměstnání a konkrétní kvalifikaci osob, které projekt zajišťují.
Dále nově vzniká informační povinnost v rámci daňového přiznání. Poplatníci musí identifikovat ovládající společnost svého odpočtového celku uvedením jejího názvu, IČO a státu sídla a zároveň specifikovat výši uplatňovaných výdajů. Tyto údaje se Finanční správě předávají prostřednictvím aplikace EPO jako příloha v sekci „Jiné přílohy“.
EKP je členem Prime Global, jedné z TOP 5 mezinárodních organizací sdružujících nezávislé poradenské a účetní firmy po celém světě.
EKP Advisory, s.r.o. – Digitální podnik 1 – Digitální transformace společnosti EKP Advisory, s.r.o.